中國科學院微生物研究所于1958年12月3日由中國科學院應用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立。半個多世紀以來，研究所已發(fā)展成為我國微生物學研究領域中學科齊全、水平最高的國家級研究機構(gòu)。現(xiàn)有在職職工人數(shù)351人，包括中國科學院院士6人，專業(yè)技術(shù)人員250人左右；在學研究生347人及部分客座流動人員。
　　 
以微生物所第一任所長戴芳瀾院士以及鄧叔群院士、閻遜初院士為代表的老一輩科學家，是我國真菌學、放線菌分類學的創(chuàng)始人和奠基人，他們的研究成果和經(jīng)典著作至今仍在微生物學界具有很高的權(quán)威性；以方心芳院士為代表的老一輩工業(yè)微生物學家為我國微生物發(fā)酵產(chǎn)業(yè)作出了奠基性貢獻。多年來，我所科學家在植物病毒、醫(yī)學與動物病毒以及免疫學研究方面在國際國內(nèi)做出了自己的特色，頗有造詣。
 
根據(jù)中科院創(chuàng)新試點工程的要求和微生物所的長遠發(fā)展目標，確定了以微生物資源、工業(yè)與應用微生物、病原微生物與免疫為主要研究領域，旨在建立從資源開發(fā)、技術(shù)創(chuàng)新到成果轉(zhuǎn)化的研發(fā)體系，努力為提升我國微生物產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新發(fā)展能力做出基礎性、戰(zhàn)略性和前瞻性貢獻。
　　
目前研究所擁有微生物資源前期開發(fā)國家重點實驗室、植物基因組學國家重點實驗室（與遺傳與發(fā)育生物學研究所共建）、中國科學院真菌、地衣系統(tǒng)學重點實驗室和中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室。擁有亞洲最大的具有40萬號標本的菌物標本館和一個國內(nèi)最大的具有17000多株菌種的微生物菌種保藏中心，是世界知識產(chǎn)權(quán)組織批準的布達佩斯條約國際保藏單位。同時還有一個藏書6萬余冊的專業(yè)性圖書館。

在微生物研究所掛靠的單位有中國微生物學會、中國菌物學會、中國生物工程學會。微生物所和上述有關學會編輯出版的學術(shù)刊物有《微生物學報》、《微生物學通報》、《菌物學報》及《生物工程學報》。